As faunas terrestre e a avifauna da região do Rio Paranapanema estão diretamente associadas às florestas e matas ciliares ainda existentes. Ao longo de décadas esses ecossistemas foram muito afetados pela interferência humana, que alterou significativamente os habitats naturais e interferiu na composição e distribuição das espécies animais.

De maneira geral, o conjunto de espécies registradas ao
longo da bacia ainda guarda boa representatividade. Sua manutenção, no entanto, depende diretamente da preservação dos remanescentes florestais – daí a importância de diversos programas ambientais conduzidos pela Duke Energy, tais como a Promoção Florestal e Reflorestamento, voltados à manutenção e ampliação destes espaços.
Cabe salientar que muitas das espécies ainda registradas desempenham importante papel no equilíbrio ecológico, atuando na dispersão de sementes, polinização, controle de insetos e de pequenos vertebrados.
Entre os mamíferos presentes na bacia do rio Paranapanema podemos destacar o veado mateiro (Mazama sp), a onça parda (Puma concolor), a jaguatirica (Leopardus pardalis), o bugio vermelho (Allouata fusca), o queixada (Tayassu pecari), a anta (Tapirus terrestris), o tamanduá bandeira (Myrmecophaga tridactyla) e o mico leão preto (Leontopithecus chrysopygus).
No grupo das aves, destacamos o macuco (Tinamus solitarius), a arara-vermelha (Ara chloroptera), a surucuá (Trogon sp), o jacu-pemba (Penélope superciliares), o gavião-pato (Spizastur melanolencus) e o urubu-rei (Sarcaramphus papa), entre outros.
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